Video: Kaj je indeksna datoteka BAM?
2024 Avtor: Lynn Donovan | [email protected]. Nazadnje spremenjeno: 2023-12-15 23:53
A BAM datoteka (. bam ) je binarna različica SAM mapa . SAM mapa (. sam) je besedilo, ločeno s tabulatorji mapa ki vsebuje podatke o poravnavi zaporedja. Indeksiranje : IGV zahteva, da sta SAM in BAM datoteke biti razvrščen po položaju in indeksirano , in da je indeksne datoteke upoštevajte določeno konvencijo o poimenovanju.
Prav tako ljudje sprašujejo, kako odprem datoteko BAM?
Iz mapa meni izberite Odprto in izberite BAM datoteke z leve strani. Izberite gumb na desni, ki pravi Dodaj a BAM datoteka . Pomaknite se do BAM Test Datoteke mapo, ki ste jo prenesli, izberite with_index_with_graph. Kliknite Odprto , izberite zemljevid.
Drugič, kako pretvorim datoteko BAM v Fastq? Spodaj so koraki za pretvorbo datoteke BAM v format FASTQ. To bo delovalo v Linuxu in bo zahtevalo SAMTOOLS in BEDTOOLS
- Prenesite SAMTOOLS.
- Ekstrahirajte z ukazom tar xzvf samtools-version.tar.bz2.
- Ustvaril bo mapo z imenom samtools-version.
- Premaknite se v imenik cd samtools-version.
Podobno, kako pretvorim datoteko BAM v datoteko SAM?
Za pretvoriti SAM do BAM , uporabljamo ukaz samtools view. Določiti moramo, da je naš vnos v SAM format (privzeto pričakuje BAM ) z možnostjo -S. Povedati moramo tudi, da želimo, da je rezultat BAM (privzeto proizvaja BAM ) z možnostjo -b.
Kaj počne pogled Samtools?
Samtools je nabor pripomočkov, ki manipulirajo s poravnavami v formatu BAM. Uvaža in izvaža v format SAM (Sequence Alignment/Map), ne razvrščanje, združevanje in indeksiranje ter omogoča hitro pridobivanje branja v vseh regijah. Samtools je zasnovan za delo na toku.
Priporočena:
Kaj je testna datoteka?
Kaj je datoteka TEST? Vrsta datoteke TEST je povezana predvsem z operacijskim sistemom Apple II
Kaj je datoteka z naključnim dostopom v C++?
Naključni dostop do datotek v C V prejšnjih urah smo se naučili odpreti datoteko, zapreti datoteko, brati iz datoteke in pisati v datoteko. Izvedeli smo tudi, da obstajata dve vrsti datotek, binarne datoteke in besedilne datoteke. Naključni dostop do datoteke pomeni, da lahko kazalec datoteke vzamete na kateri koli del datoteke za branje ali pisanje
Ali je datoteka TIFF vektorska datoteka?
TIF – (ali TIFF) je okrajšava za Tagged Image File Format in je velika rastrska datoteka. Datoteka TIF se uporablja predvsem za slike pri tiskanju, saj datoteka ne izgubi informacij ali kakovosti kot JPEG. Je vektorska datoteka, ki lahko vsebuje besedilo, pa tudi grafike in ilustracije
Kaj je transakcijska datoteka in glavna datoteka?
Definicija: transakcijska datoteka. transakcijsko datoteko. Zbirka transakcijskih zapisov. Datoteke podatkovnih transakcij se uporabljajo za posodobitev glavnih datotek, ki vsebujejo podatke o subjektih organizacije (stranke, zaposleni, prodajalci itd.)
Kakšna je indeksna številka stolpca za Vlookup?
Col indeks št. Iskalna vrednost je vedno v skrajnem levem stolpcu matrike tabel (stolpec #1, ne glede na to, kje na delovnem listu se tabela nahaja). Naslednji stolpec na desni je stolpec #2, nato stolpec #3 itd. Col index num je preprosto številka stolpca, ki vsebuje vrednost, ki jo želite pridobiti